1、光伏温室面积相对较小
随着社会经济的发展，国民收入水平的提高，人们对农业休闲消费有了较高的需求，部分地区也在现有的农业生产和生态环境的基础上，打造“科技、生态、休闲”为主题的智能观光光伏温室，但由于旅游旺季人 流量相对较大，温室内可用面积有限，客流进入后由于缺少行走空间，造成随意践踏，严重破坏作物生长。由于光伏温室的面积相对较小，我国的光伏温室多以单季单品农作物为主，农民若需要多品种种植时(多品种种植能够成为吸收客源的增长点，而且能够扩大农产品的品类)，则需要再重新搭建新的光伏大棚，多个大棚的搭建费用，导致农民的种植成本相对较高，很多农民放弃多品种种植，造成区域内产品种类不丰富，制约光伏温室大棚的最 大使用率。
2、光伏温室不够坚固
我国的光伏温室主体材料以钢结构为主，覆盖材料以PVC(聚氯乙烯)、EVA(乙烯醋酸乙烯共聚物)等塑料薄膜为主。但钢材易腐蚀，伸缩性相对较差，韧性不足，而覆盖材料塑料薄膜机械强度相对较低、采光率不足、容易老化、可用性差、需要常更换等缺点造成我国现有光伏温室在抗风、抗雪和抗震等物理强度打击的可抗性相对较差。如：近年来，由于气候多变，全国多有破坏性大风，PVC材料在抵抗大风方面效果相对较差，薄膜透风性高，造成温室内的热量被大风带走，温室内温度下降，造成栽培效益降低，影响作物生长。同样由于大棚骨架不是钢结构材料的构造，在经历风吹日晒后，坚固性严重下降，不足以抵抗大风、暴雪和地震等自然危害时，造成温室内作物受损。
3、建造成本相对较高
光伏温室在我国发展还处于初级阶段，各项技术还不成熟，多处于探索阶段。光伏温室的建设不同于普通温室，由于温室内的作物不仅需要电力能源，而且需要光照能源，这就需要在选择光伏组件的时候要保证温室的透光率，因此需要选择BIVP(薄膜透光发电组件)，这种大棚配件具有轻便、易于安装、透光率高、弱光条件下发电效果也优于多晶、单晶光伏电板，美观度好等优点。但这种组件价格相对较高，如果按照温室为10亩地的面积计算的话，总建筑面积大概为6670㎡，组件采用BIVP，大概需要200kW的规模，按照每瓦投资10元，一个10亩地的光伏温室总投资为200万元。这样的成本对于一般的种植用户是不能够承受的，这也是我国的光伏温室一直处在企业开发和应用为主，而在普通农户中却不能推广的主要原因。
二、辅助设备问题1、温度控制有待改进温室虽然在我国已经被广泛使用，但自动化和智能化的程度应用较低，大部分温室对于温度的控制，当温室内温度过高时，多采用人工的方式，在温室的表面覆盖遮光装置；当温度下降时，则将遮光装置取下，提升温室内的温度。这种方法不仅在遮光装置上造成了材料的浪费，而且每天用于覆盖和撤下遮光装置的人工，也占到了温室运营的很大成本，浪费了人力成本，造成农民的生产效率降低。因此温室的温度控制装置需要智能化设备的改进。
2、排风系统设计不合理温室为了能够保证一定的温度，将温室设置为一个相对密闭的环境，而在夏季由于太阳直射，温室内的温度相对较高，气温普遍高于外界温度。在标准情况下，温室在20℃~25℃，湿度在50%~75%的情况下，是比较适合大部分植物生长的，湿度偏高也是容易造成作物死亡的主要原因。因此，在温度过高时采取有效的通风措施是非常有必要的，而在传统的温室内采取排风措施多是在温室的顶棚留出几个塑料薄膜缺口，在温度相对较高和湿度较大的时候，将顶部薄膜缺口打开，供温室内通风使用，温度下降后，则将顶部缺口覆盖上。这种方法在一定程度上造成温室内的夜间温度流失，对作物的生长造成一定的影响。
3、补光效果不理想光伏温室内的补光系统对于作物的生长极为重要，它是构成植物生物量的一种能量源，代谢与活动所需要的能量来源。据统计，光伏电板发电系统的总效率大约为80%，如果光伏电板的产生的能量能够直接供应与作物的补光系统，将可以更加有效的避免能量的流失。而在传统的光伏温室中，由于温室的光伏电板布局，多采用全铺式或半铺式为主的光伏电板布局，造成温室内的采光系统不理想，则需要光伏的补光系统的配合下才能够更好的保证温室的作物生长。
三、监测系统问题
近年来，我国一直加紧对温室监测和控制方面的相关研究，而国内目前的光伏温室技术总体上还处于过渡时期，从早期的的简单应用到集约化和实用性开始转变并取得了良好进展。而在我国的光伏温室普遍存在缺乏统一的标准化监测体系。不同的作物对环境因素有不同的要求，大部分系统仅对单环境因素进行简单监测，对于温室环境的监测，系统软件很好会结合国内的气候特点情况进行控制。普通农户作为温室的主要应用人群，他们建设的温室主要是以钢筋大棚骨架或塑料结构为主的薄膜大棚，取暖设施主要使用薄膜、电炉等设备，光伏温室应用率很低，这就造成我国温室监控设施普遍存在结构简单、设备水平低下、控制不力等问题，而利用先进的技术进行温室监测和控制是我国温室大棚智能化发展的一个重要方向，因此我国应加大在温室监控系统上的投入。
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